Departamentul pentru controlul exporturilor ANCEX este condus de un director general pentru controlul exporturilor, numit prin decizie a ministrului afacerilor externe.
Directorul general conduce întreaga activitate a Departamentului pentru controlul exporturilor ANCEX şi îl reprezintă în relaţiile cu instituţiile internaţionale, cu ministerele, cu alte organe ale administraţiei publice centrale, cu alte instituţii publice şi organizaţii, precum şi cu persoane fizice şi juridice din ţara şi din străinătate .